使用生成模型产生全新药物分子是当前的热门研究领域。西班牙庞培法布拉大学(Universitat Pompeu Fabra, UPF) Gianni De Fabritiis课题组最近在JCIM上发表了一种机器学习方法,可以依据种子化合物(seed compound)的三维形状(3D shape)及其药效团特征生成新分子。整个方法从图像分析领域中使用的生成模型汲取灵感,使用变分自编码器(variational autoencoder)在化合物的3D空间进行扰动后使用卷积神经网络(CNN)和递归神经网络(RNN)产生化合物的SMILES序列。由此产生的新骨架和官能团可以覆盖化学空间中与先导化合物具有类似性质的未开发区域。